Akt oskarżenia przeciwko biskupowi Andrzejowi Jeżowi trafił do sądu w 2024 roku. Wówczas tarnowski sąd wystąpił do Sądu Najwyższego z wnioskiem o przekazanie sprawy innemu równorzędnemu organowi. Przemawiała za tym znajomość miejscowych sędziów z oskarżonym biskupem, a co za tym idzie rodziły się wątpliwości co do bezstronności sędziów.
Sąd Najwyższy oddalił wniosek podkreślając, że bliskie relacje są podstawą do wystąpienia z wnioskiem o wyłączenie ze sprawy sędziego, któremu ją przydzielono, a nie cały sąd. Podkreślił też, że sąd nie może unikać spraw trudnych lub głośnych medialnie z powodu pełnionych przez oskarżonego funkcji. Po oddaleniu wniosku proces pierwotnie miał ruszyć w kwietniu 2025 roku, ale z powodu choroby sędzi termin rozprawy był przekładany. Ostatecznie do sprawy wylosowano inną referent i pod koniec ubiegłego roku ustalony został nowy termin rozprawy - 18 lutego 2026 roku.
Biskup Andrzej Jeż oskarżony jest o zbyt późne zgłaszanie organom ścigania molestowania nieletnich przez księży z jego diecezji. Podstawą zarzutów były postępowania dotyczące molestowania małoletnich przez dwóch kapłanów – Stanisława P. i Tomasza K. Sprawa ks. Stanisława P. została w 2022 roku umorzona ze względu na przedawnienie karalności. W przypadku ks. Tomasza K. tarnowska prokuratura w grudniu 2024 roku skierowała do Sądu Rejonowego w Nowym Sączu akt oskarżenia.
Biskup Andrzej Jeż nie przyznał się do winy. Twierdzi, że w obu przypadkach organy ścigania miały o informacje o wskazanych przypadkach. Biskup tłumaczył, że podlega dwóm porządkom prawnym - prawu kościelnemu oraz cywilnemu i po uwiarygodnieniu informacji przed sądem kanonicznym zgłaszał sprawy organom ścigania. Zaznaczał, że samą kwestią przypadków pedofilii zajmował się powołany przez niego w 2015 roku delegat ds. molestowania małoletnich, który o poszczególnych przypadkach nie musiał informować biskupa. W efekcie biskup często dowiadywał się o przestępstwach seksualnych jako ostatni.
Odnosząc się do kwestii niezwłocznego zgłaszania spraw organom ścigania, biskup tłumaczył, że nie od razu znał przepis na podstawie którego miał to uczynić, a jego interpretacja początkowo była niejasna. Biskup twierdził też, że wiarygodne informacje o przestępstwach seksualnych księdza Stanisława P. uzyskał w sierpniu 2020 roku, a czyny ks.P. były w większości popełnione w trakcie jego pobytu w Ukrainie i nie do końca było jasne, czy powinny być sądzone w Polsce. Jak dodał, kuria dokonała jednak zgłoszenia w związku z brakiem reakcji władz ścigania i "nawet wbrew opinii wielu prawników". Wcześniej diecezja powiadomiła watykańską Dykasterię Nauki Wiary, a ta zleciła przeprowadzenie procesu kościelnego. Przeprowadzone w 2020 roku postępowanie kanoniczne potwierdziło zarzuty względem duchownego.
Przed rozpoczęciem procesu Kuria Diecezjalna w Tarnowie wydała komunikat, w którym oświadczyła, że władze diecezji zgłaszały organom państwowym przypadki wykorzystywania seksualnego przez księży, kierując się zasadą "zero tolerancji". Kolejne posiedzenie sądu w sprawie biskupa Jeża wyznaczono na 2 marca.
